菌肥在儲存時不能與農藥、化肥和過酸、過堿物質混放，不要與少量化肥或酸堿性化肥混施，土壤過酸、過堿或干旱都影響菌肥效應發揚。

防濕潤 應儲存在枯燥陰涼的房內密封保管，否則容易惹起吸濕潮解、結塊、化學反響等景象，降低肥效，還方便施用。

防混放 不同品種的肥料要辨別堆放，不要混堆和散包，以防不同肥料互相作用，惹起化學反響；化肥不要與種子、糧食、農藥及其它農資一同堆放，避免形成凈化和毒害；含活性成分及易揮發成分的新型肥料更要留意不要與其它農資混放。

防火和水、防低溫和避光保管 新型肥料由于包裝及成分存在可燃成分，該當防止與易燃物一同寄存；新型肥料大多爲可溶性的或與水發作反響的，所以應防止漏雨等狀況發作；微生物肥料要保管在枯燥清潔的避光空間，防止雜菌感染；還應避免日光直曬，防止日光中紫外線的殺菌作用；要堅持高溫，使肥料中的微生物堅持休眠形態；微生物肥料不能與易揮發且有毒害的農藥一同保管，由于各種農藥對菌體有殺害作用；由于微生物肥料有一定的無效期，所以保管不能過久，普通無效期爲2~3個月；氣體肥料要防止陽光照射或雨淋，貯存時期二氧化碳發作劑假如發作顏色變化不影響正常運用。

防空氣接觸 新型肥料中大少數添加成分或處置工藝在空氣中長工夫表露都會有生效的風險，故應密閉保管。如腐殖酸肥料、緩控釋肥料、波動性肥料等在空氣中長工夫接觸都會由于氧化、揮發而損失營養，并隨同功用喪失；對開封后未用完的肥料，尤其是水溶肥，要扎緊口寄存，避免受潮。水溶肥保管時期呈現的結塊景象不會影響肥效。

防腐蝕和中毒 有的新型肥料有腐蝕性或微毒性。如一些絡合態水溶肥、含氮易揮發肥料等具有一定游離酸，具有腐蝕性，揮發的氨氣對人體無害，故應留意防止與糧食、農藥、種子一同寄存，也不能寄存于家庭成員寓居的環境中。