1，添加土壤重金屬和有毒元素

發生凈化的重金屬次要有Zn、Cu、Co和Cr。

研討標明，無論是酸性土壤、微酸性土壤還是石灰性土壤，臨時施用化肥還會形成土壤中重金屬元素的富集。如臨時施用硝酸銨、磷酸銨、復合肥，可使土壤中As的含量達50~60 mg/kg。

2，加劇土壤酸化

臨時施用化肥減速土壤酸化。一方面與氮肥在土壤中的硝化作用發生硝酸鹽的進程有關。首先是銨轉變為亞硝酸鹽，然后亞硝酸鹽再轉變為硝酸鹽，構成H+，招致土壤酸化。

另一方面，一些生理酸性肥料如磷酸鈣、硫酸銨、氯化銨，在動物吸收肥料中的營養離子后，土壤中H+增多，許多耕地土壤的酸化與生感性肥料臨時施用有關。同時，臨時施用KCl，因作物選擇吸收所形成的生理酸性的影響，能使緩沖性小的中性土壤逐步變酸。

3，招致土壤營養失調

從土壤營養均衡和繼續應用等方面著眼，可以清楚地看到化肥的高濃度化既帶來了經濟效益的進步又帶來了新的成績，即少量高濃度肥料的運用，添加了作物產量，同時也加大了土壤中微量元素的耗竭。

4，毀壞土壤構造

臨時少量地運用氮肥特別是少量施用銨肥，銨離子進入土壤后在其硝化作用的進程中釋放出氫離子，使土壤逐步酸化。銨離子可以置換出土壤膠體微粒上起聯合作用的鈣離子，形成土壤顆粒分散，從而毀壞了土壤團粒構造，致使土壤嚴重板結，喪失了農業耕種價值。